Il Consiglio di Istituto è composto dai rappresentanti dei genitori e dei docenti (per tutti e tre gli ordini di scuola), degli studenti (solamente per il liceo), della congregazione delle Suore di San Giuseppe di Chambery e del personale non docente e dal coordinatore didattico. Esso ha il compito di approvare il PTOF (Piano Triennale Offerta Formativa) ed i regolamenti, di avanzare proposte di carattere formativo, di discutere le iniziative suggerite dalla scuola. Lo Statuto corrente dell'organo è in vigore a partire dall'anno scolastico 2017-2018.